基于FPGA快速開發(fā)醫(yī)療成像設(shè)備 實現(xiàn)目標需要功能

時間:2017-08-22

來源:網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)載

導(dǎo)語:為實現(xiàn)這些行業(yè)目標所需要的功能,設(shè)備開發(fā)人員開始采用提供FPGA支持、可更新的現(xiàn)成商用(COTS)CPU平臺進行數(shù)據(jù)采集和協(xié)處理。

為實現(xiàn)這些行業(yè)目標所需要的功能,設(shè)備開發(fā)人員開始采用提供FPGA支持、可更新的現(xiàn)成商用(COTS)CPU平臺進行數(shù)據(jù)采集和協(xié)處理。在靈活高效地開發(fā)可更新醫(yī)療影像設(shè)備時,需要考慮幾個因素,包括影像算法的開發(fā),多種診斷方法的融合以及可更新的平臺等。

開發(fā)影像算法要求使用直觀的高級建模工具,以不斷改進數(shù)字信號處理(DSP)功能。高級算法需要可更新的系統(tǒng)平臺,該平臺大大提高了圖像處理性能,而且實現(xiàn)的設(shè)備體積更小,使用更方便,更容易攜帶。

實時分析的性能需求要求系統(tǒng)平臺能夠隨軟件(CPU)和硬件(可配置邏輯)而進行調(diào)整。這些處理平臺必須能夠滿足各種性能價格要求,支持多種影像診療手段的融合。FPGA很容易集成到多核CPU平臺中,為最靈活的高性能系統(tǒng)提供DSP功能。

系統(tǒng)規(guī)劃人員和設(shè)計工程師使用高級開發(fā)工具和知識產(chǎn)權(quán)(IP)庫,在這些平臺上迅速對算法進行劃分和調(diào)試,加速設(shè)計實現(xiàn),提高利潤。

本文介紹醫(yī)療影像算法的某些發(fā)展趨勢,多種診療手段的融合以及可更新平臺來實現(xiàn)這些算法、醫(yī)療影像的算法開發(fā),首先,讓我們了解一下每種診療手段影像算法的發(fā)展趨勢,以及怎樣使用FPGA和知識產(chǎn)權(quán)。

1.MRI

磁共振影像(MRI)重構(gòu)技術(shù)建立人體的截面圖像。借助FPGA,采用了三種功能來重建3D人體圖像。從頻域數(shù)據(jù)中,2D重構(gòu)切片通過快速傅立葉變換(FFT)產(chǎn)生灰度級切片,一般是矩陣的形式。3D人體圖像重構(gòu)通過切片插值使得切片間距接近象素間距,這樣,可以從任意2D平面來查看圖像。迭代分辨率銳化使用基于迭代反向濾波過程的空間去模糊技術(shù),在降低噪聲的同時對圖像重構(gòu)。這樣,大大提高了橫截面的視覺診斷分辨率。

2.超聲

超聲圖像中顯現(xiàn)的小顆粒被稱為斑點。各種無關(guān)的散射體相互作用產(chǎn)生了超聲斑點(和無線領(lǐng)域的多徑RF反射相似),它本質(zhì)上是一種乘性噪聲。使用有損壓縮技術(shù)可以實現(xiàn)無斑超聲影像。先對圖像進行對數(shù)處理,斑點噪聲相對于有用信號成為加性噪聲。使用JPEG2000編碼器進行有損小波壓縮可以減小斑點噪聲。

3.X射線影像

冠狀X射線圖像移動校正技術(shù)用于減小成像期間呼吸和心臟跳動的影響(心跳呼吸周期)?!?D加時間”冠狀模型的移動被投射到2D圖像上,用于計算糾偏函數(shù)(轉(zhuǎn)換和放大),對移動進行校正,得到清晰的圖像。

4.分子影像

分子影像是在細胞和分子級對生物醫(yī)學(xué)過程進行特征描述和測量。其目的是探測、采集并監(jiān)視導(dǎo)致疾病的異常狀態(tài)。例如,X射線、正電子放射斷層掃描(PET)和SPECT技術(shù)相結(jié)合,將低分辨率的功能/細胞/分子圖像映射到相應(yīng)的高分辨率解剖圖像,最小可以達到0.5mm。小型化和算法開發(fā)推動了在這些緊湊系統(tǒng)平臺上使用FPGA,在多核CPU基礎(chǔ)上進一步提高了性能。

5.診斷方法的融合

早期預(yù)測和非置入式治療推動了PET/計算機輔助斷層掃描(CT)和X射線診斷/CT設(shè)備等診療手段的融合。要實現(xiàn)更高的圖像分辨率,要求采用精細的幾何微陣列探測器,并結(jié)合FPGA,對光電信號進行預(yù)處理。預(yù)處理完成后,CPU和FPGA協(xié)處理器一起對匯集后的信號進行處理,重建人體圖像。

非實時(NRT)圖像融合(重合)技術(shù)一般用于對不同時間獲得的功能和解剖圖像進行分析。然而,由于病人體位、掃描床外形以及內(nèi)臟器官的自然移動等因素導(dǎo)致很難進行NRT圖像重合處理。使用FPGA處理技術(shù)來實時融合PET和CT可以在一次成像過程中同時獲得功能和解剖圖像,而不是事后再合成圖像。在手術(shù)治療中,融合后的圖像清晰度更高,位置更精確。

外科引導(dǎo)手術(shù)圖像處理使用手術(shù)前(CT或者MR)圖像和實時3D(超聲和X射線)圖像重合(相關(guān))技術(shù),通過非置入手段(超聲、MR介入和X射線治療)對疾病進行外科治療。開發(fā)了各種算法以實現(xiàn)診療手段和治療類型融合的最佳圖像重合結(jié)果。

在這類融合系統(tǒng)中,支持高速串行互聯(lián)的FPGA能夠減少系統(tǒng)后處理部分數(shù)據(jù)采集功能的相互鏈接,大大降低了電路板和電纜相關(guān)的系統(tǒng)總成本。

6.影像算法

各種影像算法通常在FPGA中實現(xiàn),包括圖像增強、穩(wěn)定、小波分析和分布式矢量處理等。

一般采用卷積(線性)濾波來實現(xiàn)圖像增強。高通和低通濾波后的圖像經(jīng)過線性組合,由矩陣乘法模板進行加權(quán),產(chǎn)生的圖像增強了細節(jié),同時降低了噪聲。

視頻圖像穩(wěn)定技術(shù)對視頻數(shù)據(jù)序列中的旋轉(zhuǎn)和縮放效果進行歸一化處理,以平均連續(xù)幀中的噪聲。這還平滑了從視頻中提取的靜止圖像的鋸齒邊沿,能夠糾正大約1/10象素的圖像抖動。

為獲取信號中的事件信息,小波分析使用可變窗口技術(shù)每次分析一小部分信號。小波分析對精確的低頻信息使用較長的時間間隔,對高頻信息使用較短的間隔。小波應(yīng)用包括探測不連續(xù)點以及斷點、探測自相似、抑制信號、去除信號噪聲、去除圖像噪聲、壓縮圖像以及大型矩陣快速乘法運算等。

最近開發(fā)的S變換(ST)結(jié)合了FFT和小波變換。它揭示出頻率隨空間和時間的變化。其應(yīng)用包括紋理分析和噪聲濾除等。但是,ST的計算量較大,采用傳統(tǒng)的CPU實現(xiàn)起來速度太慢。分布式矢量處理技術(shù)解決了這一問題,它在FPGA中同時采用矢量和并行計算,處理時間縮短了25倍。

一種癌癥早期探測的方法利用了病人的重新造血能力。數(shù)字傳感器探測人體輻射出的紅外能量,從而“看到”由于癌癥導(dǎo)致血流增加而出現(xiàn)的微小差異。其典型實現(xiàn)基于可編程心縮矩陣,采用了通用工作站以及FPGA專用硬件引擎來實現(xiàn)。和目前的高端工作站相比,該引擎將核心算法速度提高了近1,000倍。

這些復(fù)雜影像算法需要哪些關(guān)鍵FPGA構(gòu)建模塊函數(shù)呢?在CT重建中,需要插值、FFT和卷積函數(shù)。在超聲中,處理方法包括顏色流處理、卷積、聚束、混合和彈性估算等。普通影像算法包括顏色空間轉(zhuǎn)換、圖形覆蓋、2D/中值/時間濾波、縮放、幀/域轉(zhuǎn)換、對比度增強、銳化、邊沿探測、限幅、平移、極坐標/笛卡兒坐標轉(zhuǎn)換、不均勻校正以及象素替換等函數(shù)。

可更新的平臺

很多影像系統(tǒng)以前都采用專用計算系統(tǒng)進行構(gòu)建?,F(xiàn)在,隨著高性能COTSCPU板的推出,系統(tǒng)工程師可以采用更現(xiàn)成的方法。雖然軟件自己可以完成很多算法的非實時處理,但實時影像處理還是需要輔助硬件。目前的FPGA內(nèi)置了DSP模塊、寬帶存儲器模塊和大量的可編程單元,是實現(xiàn)這些輔助硬件的理想器件。

Altera與其合作伙伴密切協(xié)作,實現(xiàn)了FPGA協(xié)處理資源和COTSCPU解決方案的可靠集成。對于Intel和AMD單板計算機(SBC),內(nèi)置了串化器/解串器的StratixIIGXFPGA能夠直接實現(xiàn)PCIExpress兼容協(xié)處理器板,承擔算法功能。對于雙插槽的AMDSBC,Altera合作伙伴XtremeData提供協(xié)處理器子卡,直接插入到一個Opteron插槽中,提供非常好的CPU+FPGA處理方案(參見圖1)。對于性能要求更高的大計算量應(yīng)用,四插槽AMDSBC可以提供多種CPU+FPGA協(xié)處理器組合方案(1+3,2+2或者3+1)。可以采用多個1-U刀片服務(wù)器來實現(xiàn)非常靈活的平臺,每個刀片完成CPU+FPGA協(xié)處理器方案。

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