DNA機器人可同時完成多個分類工作

時間:2017-11-01

來源:網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)載

導(dǎo)語:作為納米前沿科技快速發(fā)展的產(chǎn)物,加州理工大學(xué)“錢實驗室”的DNA機器人步子又小又緩慢。

作為納米前沿科技快速發(fā)展的產(chǎn)物,加州理工大學(xué)“錢實驗室”的DNA機器人步子又小又緩慢。它走一步需要5分鐘,步長6納米,差不多是人類一步的600萬分之一。

它只有20納米長,大約是一粒米的千分之一。它看起來像根線蟲,身子細(xì)長,沒有臉,蛇一般纏來纏去。它的活動場地是一塊DNA合成物的平板,隱藏在試管里——因為太小了,需要被注射進(jìn)去。

DNA機器人抓取分子小球概念圖圖片來源加州理工大學(xué)

板子上分布著兩種顏色的分子小球。這條“線蟲”游來游去,撿起小球送到指定的位置。兩種顏色分開擺放。

它是世界上首例可以同時完成行走、抓起、放下和分類工作的DNA機器人。今年9月,《科學(xué)》雜志發(fā)表了有關(guān)它的論文。

“這是DNA機器人的重要一步?!倍趴舜髮W(xué)工程學(xué)教授約翰·賴夫說。他自21世紀(jì)初就開始關(guān)注DNA合成研究的發(fā)展。

DNA機器人的工作平臺概念圖

對更多人來說,這段跋涉還在肉眼無法看見的維度之中。

建筑是DNA與生俱來的能力

DNA機器人和出現(xiàn)在大眾媒體上的機器人不太一樣。后者的代表是由施瓦辛格扮演的硬漢“終結(jié)者”或拖著履帶條的大眼睛瓦力。而據(jù)錢實驗室的管理者、加州理工大學(xué)助理教授錢璐璐介紹,自己實驗室的這個小家伙在不和其他同伴纏繞時,差不多就是“一條軟軟的彈力繩”。

和那些金屬家伙不同,它的血肉由核苷酸構(gòu)成。后者也是脫氧核糖核酸,即DNA的組成物。這也是它名字的由來。

20世紀(jì)80年代,一名叫納德里安·西曼的紐約晶體學(xué)家逐漸意識到,大名鼎鼎的DNA不僅僅是生命秘密的所在,還可以是一種絕佳的建筑材料。

西曼那會兒留著大胡子,是個喜歡在講座里開玩笑的年輕教授。他在實驗室的工作進(jìn)行得不太愉快——通過改變條件不斷實驗析出結(jié)晶,以期獲得理想的分子成果,卻總是不盡人意。

他突然開了腦洞:能不能讓核酸自己組合出結(jié)果呢?

畢竟,這是大自然做了千萬年的事情,建筑是DNA與生俱來的能力。

眾所周知,DNA是兩條纏繞在一起的雙螺旋。具有互補序列的核苷酸,即A和T、C和G相遇,一定會配上對,伸出小觸手緊緊握住對方,搭出螺旋向上的階梯。

從這個角度來看,納米生物學(xué)實驗一下子變成了媽媽織毛衣。只要將序列互補的DNA丟在一起,它們自然會組合出成果。不需要粘合劑,不需要楔子和釘槍,化學(xué)承擔(dān)了所有工作。線頭互相纏繞,毛線延伸的方向千變?nèi)f化,可以彼此正著纏、反著纏、夾花兒纏。

編織毛衣的“毛線”從DNA上切割下來,刀子則是限制酶。被切下的長長DNA縷(strand)并不像毛線那樣光滑,而長著大大小小蜈蚣腳式的尖端。那些格外突出的尖端被稱作黏狀末端,顧名思義,可以在未來的編織中起到粘連的作用。它們是毛衣的線頭。

通過織毛衣式的人工合成,1982年,西曼獲得了一副DNA編就的井字花。實際上,30年來,這個領(lǐng)域的成果圖仿佛一本大型毛線手工書。

西曼和他的后繼者不斷使用新的編碼,改變切割的長短,變換纏繞的方式,制造出花樣繁多的DNA分子結(jié)構(gòu)成果。有連續(xù)不斷如羅馬地磚式的2維圖案,也有3維的繡球,甚至可以在分子平面上排列出一個笑臉。DNA的“毛線”恪盡職守地排列組合,仿佛運動會開幕式上的團(tuán)體操表演。

DNA人工合成物不僅能組成靜態(tài)的圖案,還能造就可以自主動作的機器人。人類能通過編碼來設(shè)計合成物的運動方式。

這同樣少不了自然的幫忙。DNA是編碼的天然材料。它能儲存大量信息,因此可以被設(shè)計進(jìn)行活動。編碼的基礎(chǔ)簡潔明了——序列。此外,很多信號能夠被轉(zhuǎn)化成自然信號。

錢璐璐團(tuán)隊的機器人擁有兩只“腳”,一條“手臂”和一只“手”。它活動在一個一個特殊的分子表面上,這個平面由短促的DNA合成物組成,像一塊釘板。釘子上散落安放著需要被分類的小球。

機器人的腳和釘子上都被安放了DNA片段。序列互補,片段彼此吸引,腳就在釘子上踩實了。長條狀的機器人從而穩(wěn)穩(wěn)地攀上釘子,像一只蛇蜿蜒爬上短樁。

通過編碼,兩只腳不能同時踩在一顆釘子上。當(dāng)機器人行動時,它只需用閑著的那只腳攀上想到達(dá)的那顆釘子,踩在原來釘子上的腳就會自動松開。它悠游在釘板上,像深草間躍動的一只彈簧。

機器人對小球的分類同樣是依靠序列的幫忙實現(xiàn)的。小球上帶有兩截DNA片段,一截吸引機器人自由晃動的手掌,從而能被拾起。一截吸引目的地的釘子,從而能被放下。兩種不同顏色的貨物要被送到不同的目的地,因此配對的標(biāo)記不一樣。

工作時,機器人被設(shè)計遵循最簡單的行為法則:亂逛、隨緣。你家的掃地機器人滿屋亂轉(zhuǎn),遇到灰塵就吃掉,DNA機器人也如此。手里空空時,遇見貨物就撿起來。拿著貨物時,遇到目的釘子就放下。

“這樣的漫游不會耗費一點兒能量?!卞X璐璐說。

“真是美麗的工作?!币晃换瘜W(xué)家在自己的視頻網(wǎng)站頻道對此評價道,“說起機器人,總會想到機械控制和電腦,而她們看到了其他的方向、自然的一面?!?/P>

DNA機器人搬“珠子”,準(zhǔn)確率接近百分百

“它們可以抵達(dá)人類到不了的地方。機電機器人被送去火星,它們則可以被送到血液循環(huán)里,精準(zhǔn)運輸送達(dá)藥物?!卞X璐璐對媒體表示。

錢璐璐團(tuán)隊的“彈力繩”并不缺少同類。近10年間,科學(xué)家運用人工合成DNA制造出了不同功能的分子機器人。

一個長得像帶蓋小水桶的家伙可能是打擊癌癥的最新武器。2012年9月,韋斯生物啟發(fā)工程研究所在《科學(xué)》上發(fā)表論文,推出了一種新型DNA機器人。

水桶內(nèi)盛放著藥物,水桶外壁裝著鎖——雙螺旋緊緊纏繞,筒體的兩部分因而牢牢閉合,保證藥物不灑出來。

打開鎖的鑰匙是一種特定的蛋白。一旦鎖上的一小縷DNA識別到了這種蛋白,會轉(zhuǎn)而附著在上面,從而松開鎖體的螺旋,打開整個水桶。

研究者希望,它可以在人體的海洋中游走,安然繞過健康的組織,穿過鮮紅的血液洪流,只有與黑壓壓的病變細(xì)胞正面交鋒時,才被激發(fā),吐出深藏在胸中的炮火。

這種精準(zhǔn)而有效的攻擊,使它更像一臺人體內(nèi)的殲擊機,區(qū)別于傳統(tǒng)癌癥化療的無差別攻擊。

目前,這些DNA機器人還只能在試管中活動,遠(yuǎn)談不上進(jìn)入人體治病。澳大利亞莫那什大學(xué)的納米生物學(xué)專家陳文龍曾在接受媒體采訪時對錢團(tuán)隊的工作大加贊賞,但他同時也表示:如果機器人貿(mào)然進(jìn)入人體,合成DNA攜帶的基因編碼很可能會擾亂人體本來的基因信息。

科學(xué)家的工作重心正集中在怎樣讓這些小家伙步子邁得更快一點。

今年春天,中科院上海應(yīng)用物理研究所與華東師范大學(xué)的團(tuán)隊合作,在《應(yīng)用化學(xué)》發(fā)表論文,介紹了他們構(gòu)建的一種新機器人,能夠通過核酸外切酶驅(qū)動,實現(xiàn)更高效的行走。

錢璐璐團(tuán)隊則采取了集團(tuán)作戰(zhàn)的戰(zhàn)術(shù)。單個機器人做完兩種顏色12顆“珠子”的分類需要一整天。他們繼而往這片“工地”增加更多的機器人幫手。DNA機器人各走各道,效率大大提高,一天的工作被縮短到了幾個小時,準(zhǔn)確率保持在接近百分之百。

這也是DNA機器人研究一直以來的一個思路:個體力量再小,團(tuán)結(jié)起來也威力無窮。

未來,錢璐璐希望能模仿集體出動完成任務(wù)的螞蟻,讓機器人留下能被同伴辨識的信號,從而提高漫游不準(zhǔn)確的效率。

“很多(DNA機器人)在未來可能的應(yīng)用目前還屬于科幻小說的范疇。”錢璐璐說。

生命也是一個程序,自然是寫就它的程序員

“盡管它們目前仍然又緩慢又簡單,DNA機器人已經(jīng)顯現(xiàn)出超越微電子機器人的種種優(yōu)勢了?!倍趴舜髮W(xué)的約翰·賴夫表示。

他經(jīng)歷了DNA研究的分岔口。上世紀(jì)末,DNA與數(shù)據(jù)天然緊密的關(guān)系,讓不少科學(xué)家堅信能制造出一臺DNA計算機。但經(jīng)過不斷實驗,他們中的一些感到越來越深重的懊惱:自己的成果遠(yuǎn)遠(yuǎn)趕不上已經(jīng)存在并仍在飛速發(fā)展的微電子計算機。

他們提出:應(yīng)該讓DNA做自己最擅長的工作,在有機組織或其他類似的環(huán)境里進(jìn)行數(shù)據(jù)處理。微電子電腦可去不了那里。

錢璐璐實驗室的年輕團(tuán)隊是這波潮流的最新繼任者。他們中有醉心于“不存在于自然中卻和自然造物一樣復(fù)雜”合成物的化學(xué)家,也有獲得了醫(yī)學(xué)博士學(xué)位的程序員。這個實驗室共同的興趣是:編碼。

在制造機器人的過程中,他們總在提醒自己:簡單、更簡單一點。機器人的算法盡量簡單,工作的邏輯遵循“是”或“否”的簡短流程。連形態(tài)都是一個簡單的線條,沒有千絲萬縷的編織造型。

這是因為:“越簡單,越可能被作為基礎(chǔ),添加上各種新的功能?!彼麄兊哪繕?biāo)不是把某項具體任務(wù)做到盡善盡美,而是開發(fā)盡可能多的綜合用途。

“我和我實驗室的興趣,是建造這些原子機器人的工程原則?!卞X璐璐說。

利用工程原則,程序員和工程師打造了一整個微電子世界,從小小的轉(zhuǎn)化器到我們所熟悉的各種機器人。同樣,分子生物世界也可以從簡單到千變?nèi)f化。

在錢璐璐眼中,生命也是一個程序。自然是寫就它的程序員,分子是搭載它的平臺。不同的程序序列,能制造出昆蟲、細(xì)菌或者小貓咪。

然而,我們對生命這個程序的應(yīng)用仍然十分有限?!懊刻煊谐^1000種iPhone應(yīng)用誕生,分子的‘應(yīng)用’數(shù)量卻遠(yuǎn)遠(yuǎn)不及?!?/P>

“人類能有機會利用整個分子生物系統(tǒng)的編程空間嗎?”錢璐璐在2016年的一次演講中自問。

她在加州理工大學(xué)的個人頁面上寫道:“自然蘊藏著我們所尋覓的所有美麗和真理,但尋求的旅程還需要被心中的火焰所照亮。”

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