全球知名的工業(yè)物聯(lián)網(wǎng)解決方案提供商研華科技近日宣布發(fā)布與偉薩科技技術(shù)共同創(chuàng)建的DNA基因排序加速解決方案。該解決方案解決了大中華區(qū)和北美地區(qū)對(duì)非侵入性產(chǎn)前檢查(NIPT)和癌癥和疾病診斷市場(chǎng)日益增長(zhǎng)的需求。
“下一代測(cè)序(NGS)”是近年來(lái)備受關(guān)注的基因技術(shù)。通過(guò)比較和分析DNA序列，NGS根據(jù)人類(lèi)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)精確定制治療方案。NGS通過(guò)定位存儲(chǔ)與潛在原因相關(guān)的信息來(lái)幫助醫(yī)療人員防止傳播和感染，對(duì)抗癌癥和罕見(jiàn)疾病。然而，產(chǎn)生了一個(gè)問(wèn)題，基因服務(wù)提供者面臨著越來(lái)越大的挑戰(zhàn)：處理無(wú)休止的基因組數(shù)據(jù)。這個(gè)耗時(shí)耗力的過(guò)程阻礙了研究和進(jìn)展。
為了應(yīng)對(duì)這一挑戰(zhàn)，研華科技與偉薩科技，一家專(zhuān)長(zhǎng)在基因組測(cè)序加速的臺(tái)灣公司，共同開(kāi)發(fā)了一種加速解決方案。通過(guò)將研華SKY-7210服務(wù)器與偉薩科技的FPGA卡相結(jié)合，專(zhuān)為精密醫(yī)療行業(yè)設(shè)計(jì)出一種優(yōu)化和加速數(shù)據(jù)處理的基因測(cè)序一體式服務(wù)器。
借助這個(gè)高速平臺(tái)，種系分析管道處理時(shí)間最多可縮短25小時(shí)，從近33小時(shí)縮短到不足8小時(shí)，從而大大提高了效率并降低了TCO(總經(jīng)營(yíng)成本)。該基因排序加速解決方案現(xiàn)在已經(jīng)在研究機(jī)構(gòu)、生物庫(kù)、診所和醫(yī)院開(kāi)始使用，在基因組數(shù)據(jù)分析方面提供了更大的靈活性，并提升了精確醫(yī)學(xué)的價(jià)值。
基因排序加速解決方案
基因排序加速解決方案提供一個(gè)無(wú)痛的升級(jí)過(guò)程，使用本地BWA-MEM和GATK處理種系管道的二次分析。使用者可以在不更改工作流的情況下完成對(duì)齊、排序、標(biāo)記復(fù)制和變量調(diào)用的分析。隨著本機(jī)快速算法的加速，SNPs和INDELs的整體精度為99.9%，與原始軟件相同。此外，加速解決方案提供與原始軟件完全相同的輸出文件格式。
基因排序加速解決方案為在服務(wù)器上部署大數(shù)據(jù)和深度學(xué)習(xí)提供了一個(gè)平臺(tái)，該服務(wù)器具有3TBDDR4插槽、3xNMC(網(wǎng)絡(luò)夾層卡)和2x300WGPU或6x150WGPU，以減少?gòu)腍DD到FPGA的數(shù)據(jù)移動(dòng)延遲。連接更靈活，更容易適應(yīng)未來(lái)的擴(kuò)展。
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