MES系統(tǒng)與ERP系統(tǒng)，在倉儲管理上面存在著管理等級上的差別，一般來說，ERP系統(tǒng)能夠管理到倉庫當(dāng)中各種類型物料的總量，以及所有物料的進(jìn)出情況，但是，ERP系統(tǒng)沒能管理到物料在倉庫當(dāng)中如何具體存放，也沒能對物料的進(jìn)出規(guī)則進(jìn)行有效的管理，比如：先進(jìn)先出的管理，零散物料先出的管理等等。MES系統(tǒng)恰恰彌補(bǔ)了ERP系統(tǒng)在這方面的不足，從物料進(jìn)廠檢驗開始，追蹤其入庫，出庫，產(chǎn)線使用消耗，產(chǎn)線剩余返倉，產(chǎn)線發(fā)現(xiàn)質(zhì)量問題返回供應(yīng)商等等一系列的行為和操作，為物料建立完備的歷史信息檔案，并提供相應(yīng)的查詢和管理方法，滿足用戶在統(tǒng)計和物料追溯方面的各項需求。MES系統(tǒng)與ERP系統(tǒng)，在實際的運(yùn)作當(dāng)中，應(yīng)該采用相互融合的方式進(jìn)行信息的交流，從最根本上來保證倉儲信息的正確與及時，提高工廠在物料上面的管理水平。

MES系統(tǒng)當(dāng)中對所有的關(guān)鍵物料實施條碼化的管理，并且根據(jù)實際的操作，實時進(jìn)行匯總之后，傳遞給ERP系統(tǒng)，使雙方都能夠清楚當(dāng)前倉庫的物料庫存情況，線上累積情況，線上消耗情況，等等信息。另外，MES管理系統(tǒng)根據(jù)一段時間內(nèi)的生產(chǎn)排產(chǎn)計劃，產(chǎn)生物料的需求清單，并對比物料的庫存情況，將物料的短缺信息報告給ERP系統(tǒng)，促使ERP系統(tǒng)能夠快速的做出反應(yīng)，生產(chǎn)物料的請購清單，保證生產(chǎn)的順利進(jìn)行。

MES系統(tǒng)的集成性發(fā)展面臨著諸多困難，但隨著應(yīng)用企業(yè)、產(chǎn)品廠商、行業(yè)組織的共同努力，MES的集成性發(fā)展正向著良性的方向發(fā)展MES新型體系結(jié)構(gòu)的發(fā)展，不斷推動著集成技術(shù)與功能的完善，以及標(biāo)準(zhǔn)的統(tǒng)一;MES系統(tǒng)的集成對象已經(jīng)不僅僅是直接相關(guān)的ERP、車間設(shè)備自動化系統(tǒng)等信息系統(tǒng)，現(xiàn)在已經(jīng)開始逐漸將應(yīng)用企業(yè)的更多相關(guān)的信息系統(tǒng)集成進(jìn)來，MES系統(tǒng)與其他軟件連接，才能讓用戶得到最大限度的收益。

公司已經(jīng)實施了ERP系統(tǒng)，且ERP系統(tǒng)覆蓋了部分的生產(chǎn)相關(guān)的內(nèi)容，便于生產(chǎn)成本的采集，通過MES管理系統(tǒng)的信息集成，自動生成了所有零件的生產(chǎn)指令卡，減少了信息的重復(fù)錄入量，顯著縮短了車間的生產(chǎn)準(zhǔn)備時間，通過信息共享，提高了信息的透明度與利用率，提高了管理效率。

MES用戶一般要把MES系統(tǒng)與ERP系統(tǒng)同時使用，這兩個軟件在數(shù)據(jù)上和功能上的連通將會給用戶帶來最大的效益。效率MES系統(tǒng)在整個企業(yè)生產(chǎn)過程中扮演承上啟下的角色，介于ERP與車間底層自動化之間，是企業(yè)實現(xiàn)精益制造、柔性生產(chǎn)必不可少的信息化手段。